設計財務報告內部控制是在評估財務報告風險的基礎上，對財務報告內部控制進行設計的過程，是財務報告內部控制設計的關鍵環節，基本程序包括：確定財務報告關鍵控制點；明確財務報告控制目標；提出財務報告控制措施；設計財務報告控制證據；完善財務報告相關制度；繪制財務報告控制流程圖；編制財務報告控制矩陣。

　　1、設計關鍵控制點。企業在構建與實施財務報告內部控制過程中，要針對財務報告風險評估的結果，確定財務報告的一般控制點和關鍵控制點，并編制財務報告控制要點表。確定財務報告的一般控制點和關鍵控制是件很困難的事情，要根據企業實際情況確定，也因人們的專業判斷而有所不同。《財務報告指引》重點對財務報告的編制、財務報告的對外提供、財務報告的分析利用環節等進行了規范。

　　2、設計控制目標。財務報告內部控制的目標就是要保證財務報告合法、安全、有效、可靠，從而有效控制財務報告中可能存在的各種風險，實際工作中，應根據識別出來的財務報告具體風險來設計，不能固定化、模式化。

　　3、設計控制措施。企業在構建與實施財務報告內部控制過程中，要強化對財務報告控制點，尤其是關鍵控制點的風險控制，并采取相應的控制措施。財務報告控制措施要與財務報告相融合，嵌入到財務報告流程當中。按照企業內部控制應用指引的要求，企業應當嚴格執行會計法律法規和國家統一的會計準則制度，加強對財務報告編制、對外提供和分析利用全過程的管理，明確相關工作流程和要求，落實責任制，確保財務報告合法合規、真實完整和有效利用。總會計師或會計工作相關負責人組織和領導財務報告的編制、對外提供和分析利用等相關工作。企業負責人對財務報告的真實性和完整性負責。

　　4、設計控制證據。為了財務報告制度的有效實施，需要制定必要的表單，作為財務報告制度的附件，為財務報告過程留下控制證據。財務報告相關文件資料很多，包括會計政策、會計估計、會計憑證、會計賬簿、財務分析報告和財務報告結果傳遞記錄等。

　　5、優化控制制度。企業需要建立一系列制度體系和機制保障，促進財務報告的作用得到有效發揮。財務報告內部控制制度不是新建的一套獨立制度，而是將內部控制思想嵌入到財務報告制度中去。財務報告制度到底制定多少個，內容到底有哪些，因企業的不同而不同，從務實角度考慮，不宜過多，可制定一套統一的業務外包控制管理制度。

　　6、繪制控制流程圖。繪制財務報告控制流程圖要根據財務報告流程、風險點、控制點及相關的控制措施，結合具體單位的實際情況來繪制。特別要強調的是，應把財務報告內部控制流程和財務報告流程整合在一起，并在圖上標示風險點和控制點。

　　7、編制控制矩陣。財務報告控制矩陣是對財務報告流程圖中風險點、控制措施和控制證據等要素的詳細說明與描述，是財務報告內部控制設計結果的集中體現，也是企業內部控制管理手冊重要組成部分。實際上是上述工作的綜合匯總。

　　本階段設計工作成果是形成《財務報告控制控制要點及關鍵控制表》、《財務報告內部控制目標表》、《財務報告內部控制措施表》、《財務報告控制證據表》、《財務報告制度完善建議表》、《財務報告控制流程圖》、《財務報告控制矩陣》等。