藥品是醫院開展醫療服務活動中不可或缺的物資，是醫院庫存物資中的一種特殊物資，且在醫院的庫存物資中占比很大。藥品的特殊性決定了對其管理的重要性，藥品管理是醫院管理的一個重要環節。隨著公立醫院改革的不斷深化，對藥品管理的要求也越來越高。藥品管理內部控制是藥品管理的一個重要手段，對醫院有著重要的影響。通過加強對藥品的采購、驗收入庫、儲存、領用等一系列日常管理的內部控制，既能優化醫院的藥品管理，建立完整的監督體系，促使各部門間相互監督，有效規避藥品管理中的各種風險，有效降低醫院的經營風險；又能及時掌握藥品的流轉并進行有效管控，保證藥品信息及財務數據的完整性、準確性、及時性，提高藥品會計的信息質量；還能提高日常工作效率，促進醫院有序、高效地開展各項工作，提高醫院藥品管理水平。
目前，部分醫院并沒有完善的藥品管理內部控制制度，主要是因為醫院的管理層對藥品管理內部控制的重要性缺乏認知。即便醫院有完善的藥品管理內部控制制度，也由于管理層對藥品管理內部控制制度的態度不嚴謹，內部控制制度執行力度不夠，缺乏內部監督機制或者監督機制不夠完善，導致藥品管理內部控制制度流于形式，并未發揮其真正的作用。長期下來會引發一系列的問題，例如，采購過程中可能會存在舍近求遠、舍低求高、不按計劃采購，造成藥品積壓過期、浪費損失；藥品入庫數量、發出數量統計不準確或者價格不準確；一藥多名、多品種、多類型，相互混淆；麻醉等特殊藥品處方授權批準管控手續不全，或保管不周，造成數量不實等，甚至會有違法行為；盤盈、盤虧均不查找原因，查清責任，按制度進行處理；甚至會造成醫院資源浪費，不能防范和控制醫院的經營風險，反而會加大醫院的運營難度，不利于醫院的健康長遠發展。
就目前部分公立醫院來看，管理層更多地關注醫院的醫學技術水平的提高、人才的發展培養、科研教學的成果、患者滿意度的提升等方面，而忽略了醫院藥品管理內部控制體系的建設。藥品管理內部控制體系的不完善，就有可能存在沒有合理設置崗位及合理劃分權限的現象，會影響藥品的安全和使用的有效性、財務信息的真實性，加大醫院的經營風險。
藥品管理人員沒有具備相應的專業知識，沒有掌握相應的財務知識及電腦操作技能，對藥品知識的掌握程度也不高，不熟悉藥品的作用、分類等，在一定程度上會降低藥品會計工作的質量，導致藥品管理的漏洞多，內部控制薄弱，容易出現舞弊行為，引起藥品流失，影響藥品管理工作的質量和效率。
醫院的藥品采購人員的風險意識弱，藥品精細化管理程度低，導致藥品采購計劃編制不合理，與醫院的醫療業務活動發展不相適應，庫存藥品過多或不足都會對醫院的正常經營活動造成一定的影響。庫存藥品過多會占用醫院大量的資金，而庫存藥品不足則會影響醫院正常醫療活動的開展。
醫院的藥品管理中大多數都存在賬實不符的情況，藥房和藥庫的盤點時間難以統一，監盤人員數量不足，增加了監盤的工作量，而且對盤點數據的準確性有一定的影響。每月盤點后，只在盤點報表上登記賬面數、實存數及其差異，并未對差異進行分析及處理，也沒有設置合理的差異率，盤盈盤虧流于形式，并未達到通過藥品盤點實現藥品管理內部控制的目的。
盡管現在醫院都采用信息化系統，但部分醫院的信息化水平還處于較落后的階段，藥品出入庫系統、銷售系統與財務系統相互獨立，沒有相互聯系，各個系統的取數口徑也不一致，需要通過人工去調整數據，需要花費大量的時間，工作效率低下，而且容易出現失誤。除此之外，信息管理系統難免會出現漏洞，信息管理系統的漏洞會給藥品管理工作帶來極大的安全隱患。
隨著公立醫院改革的推進和深化，通過建立健全的內部控制醫院藥品管理內部控制體系，建立完整、規范的藥品管理體系，實現對醫院藥品的精細化管理，確保醫院藥品流轉有計劃、有步驟進行，保證藥品供需平衡，完善醫院財務管理，提高醫院資金效益，全面提高醫院藥品管理水平。
對于藥品管理內部控制制度的建設，首先，應加強醫院管理層對藥品管理內部控制重要性的認識，并直接參與藥品管理內部控制制度建設的過程，保證藥品管理內部控制制度建設的有效開展及內部控制制度的有效實施。
其次，應結合醫院的實際情況，針對醫院藥品的采購計劃、招標采購、驗收入庫、日常管理與盤點等一系列活動的風險點，建設有效的內部控制制度，保證不相容崗位的相互分離，各個崗位之間的相互制約。最后，要健全對藥品管理內部控制制度的考核體制并與績效管理相聯系，若藥品管理內部控制制度不能有效實施，則制度形同虛設，不能起到加強藥品管理的作用，所以必須健全考核體制并與績效管理相聯系，建立相應的獎懲機制，督促各部門認真執行藥品管理內部控制制度，以此來保證藥品管理內部控制制度的有效實施。
藥品作為醫院一種特殊的物資，應當對其管理人員有更高的要求，既要具備相關的藥品知識，又要具備一定的財務知識，還要可以熟練操作電腦及相關辦公軟件。醫院應加強對藥品管理人員的培訓，定期組織學習，了解最新政策，更新專業知識，提高業務技能和綜合素質。
為確保藥品的供需平衡，醫院有必要建立嚴格的藥品采購制度及授權審批制度。醫院藥品采購應做到逐層上報、審批，保證藥品采購的合理性。首先，應由藥劑科根據現有的藥品庫存量計算出請購量后提出采購申請，經藥劑科負責人審核同意并簽字確認后將采購申請交財務科。
其次，財務科根據總體預算的要求，對采購申請進行審核并由財務科負責人簽字確認后，再將采購申請報相關負責人審批，由相關負責人審批并簽字確認。
最后，將采購申請交給采購部門實施采購。藥劑科計算請購量時應在保證醫療服務活動正常開展的前提下，考慮藥品采購費用及藥品保管費用，確定藥品的經濟訂貨量，以盡量減少成本。必須要明確各個被授權人的權限及其責任，嚴禁未經授權的人員審批，加大監管力度，確保采購審批流程的合理規范。
為加強醫院藥品管理內部控制，保證醫院藥品的完全、完整，必須實施藥品庫存盤點精細化管理。藥劑科每月應在固定的時間對各個藥房、藥庫的庫存藥品實行全面盤點，盤點時應由會點人員根據實際數量翔實記錄于盤點登記表，盤點登記表必須經有關人員簽名確認，一經確認不得更改。對于差異較大的庫存藥品，應當進行復盤。盤點完成后，由盤點人根據盤點登記表匯總并編制盤存表，盤存表一式兩份，一份由藥劑科保存，一份送財務科以便核算盤盈盤虧。藥品會計應當不定時抽盤庫存藥品，及時發現問題并解決。對于藥品的盤盈盤虧，應編制盤點盈虧報表，并應及時查明原因，分清責任，并向相關部門及相關負責人做出書面請示，待批復后進行賬務處理，做到賬實相符、賬賬相符。
為了有效地提升藥品管理的工作質量和效果，必須加強對藥品的信息化管理，并且要保證藥品信息化管理的質量。醫院藥品驗收入庫時，應通過手持終端掃描藥品，在手持終端顯示藥品的全部信息，核對無誤后導入系統，完成入庫流程。藥品出庫時，應先由藥房在系統上申請領用，藥庫審核通過后揀取藥品，并用手持終端掃描，系統確認藥品出庫，打印出庫單；同時藥房也需通過手持終端掃描藥品，系統確認藥房領用。藥品庫存盤點時，通過手持終端掃描藥品進行盤點，系統讀取數據并整理，生成盤盈盤虧報表，并提示差異是否在合理范圍內，若超出合理范圍可以選擇是否需要復盤，最后經過相關人員確認后，將數據傳送到財務系統中，以便財務人員進行數據分析。通過藥品信息化管理，對藥品驗收入庫、領用發出、庫存盤點等一系列日常活動進行實時管理和動態跟蹤，系統性地掌握醫院的藥品流轉過程，有效地避免人工操作的失誤，并提高醫院整體的工作效率。
總而言之，隨著我國公共財政體系的建立和完善，公立醫院改革的推進和深化，加強醫院藥品精細化管理是總體趨勢，而加強醫院藥品內部控制是醫院加強藥品精細化管理的一個重要措施。在醫院藥品管理的每一個環節都有其風險點，醫院需要針對各個風險點不斷完善制度、優化流程、加強監督，不斷完善藥品內部控制制度，確保醫院健康可持續發展。